孜珠寺是康区一带现存规模最大、教徒最多、苯教仪轨保存最完整的寺庙之一。据苯教史料记载，吐蕃第二世赞普穆赤(出生于公元前1075年)修建了密宗修行场所37处，孜珠寺为其中之一。“

孜珠”意为六山峰顶，因并排有六座山峰而得名，素有苯教律经中“六到彼岩”之美称。孜珠山山势险峻，怪石嶙峋，寺庙各类建筑依山而建，高低错落，雄伟庄严，建筑物有的宛如一座座神圣古堡，矗立在陡峭的岩峰之巅，有的仿佛一个个特大木箱悬挂在离地面近百米的高空陡崖上。其中，有一座建筑整个悬空，房屋底部无任何依托，据说已有2000多年的历史，成为孜珠寺一道奇特的景观。

孜珠寺有独具特色的苯教佛事活动，尤其是每隔12年藏历鸡年六月十五才表演一次的古老苯教裸体神舞是该寺最重大的佛事活动。这种跳神舞的形式在整个西藏能恢复的只有孜珠寺，舞者在面部和全身涂满各种色彩，伴随音乐，演绎故事情节。

孜珠山上景点众多，有格萨尔王用神力射出的“天门”，有象征生殖崇拜的“雌雄石”，有藏东地区最具超度能力的天葬台等，而且景区内随处可见传说中高僧大德的神变脚印、手握之石和用神力写下的三十六字真言，成为孜珠寺的神奇景观。