扎西吉培寺建于藏历第五绕迥。始奉主巴噶举派教法，系一座尼姑庙，后衍变为僧尼合修的寺庙，延续至15世纪(藏历第七绕迥)。约一百二十年后，由宗喀巴(1357～1419)弟子吉·西绕色格的门徒吉·西绕贡布将寺庙改宗格鲁派。到1613年第四世班禅罗桑确吉坚赞(1567～1662)对该寺进行了全面整顿，并编入拉萨哲蚌阿巴扎仓的分寺。1933年，第九世班禅曲吉尼玛(1883～1937)将该寺交给经师罗桑旦增旺吉管理，由此罗桑旦增旺吉便成了该寺的主持人。

扎西吉培寺，在日喀则地区谢通门县境内，位于县驻地以西、通门乡吉培村西面，距县城8公里。寺庙背靠吉培山东麓，东距绒曲河1公里，南距通门乡5公里，北临雅鲁藏布江。

扎西吉培寺是谢通门县历史悠久、规模宏大的古寺之一，殿堂林立，气势恢宏。主要建筑有大殿、夏大殿、牛头金刚护法神殿、甘丹拉康等9座单元。在“十年浩劫”中殿堂被毁，寺内文物茫然无存。1986年，国家拨款对该寺大殿进行了修建，其布局、风格恢复原貌。

扎西吉培寺共有4个活佛传承系统：第一传承系统活佛有：达玛巴扎·旺久桑、格瓦多吉、罗桑曲培;第二传承系统：第一传承系统活佛有：达玛巴扎·旺久曲桑、格瓦多吉、罗桑曲培;第二传承系统活佛有：央金·珠白多吉、罗桑金巴、甲央多吉;第三传承统活佛有：琼布·罗桑色珠、罗桑敦云;第四传承系统活佛有：甲桑·贡觉贡央培、崔珍嘉措。该寺堪布任期不定，罗奔任期五年，格贵任期一年，由扎什伦布寺委派;翁则、吉萨(管家)由寺内产生，任期五年。民主改革前该寺有喇嘛265人，现有喇嘛46人。